A lo largo de su trayectoria SEPIA ha recibido el apoyo financiero de diversas fuentes cooperantes. La Fundación Ford fue el soporte del funcionamiento institucional de SEPIA hasta el año 1996. La Fundación Mac Arthur ha sido la fuente principal de financiamiento para el periodo 2000-2004. Para el periodo 2005 – 2009 se contó con el financiamiento de la Fundación FORD, Intertational Development Research Center –IDRC, Oxfam GB, entre otras instituciones.
